甲公司系一家外商投资的制造型企业。2010年之前，甲公司处于筹建、开办期；2010年，甲公司承接首单业务。2016年，甲公司所在区国家税务局向甲公司发出《税务事项通知书》，对该公司与关联企业间的2010-2013年业务往来等转让定价问题进行税务立案调查。
此次调查，主要原因是甲公司2010年、2011年与关联方发生交易（交易内容主要是甲公司提供制造、维修劳务等），且收入成本倒挂严重。
税务机关在与甲公司协商的过程中，强烈建议采用“交易净利润法”进行纳税调整，利润指标选用“完全成本加成率”。同时，税务机关一再强调：（1）因甲公司大部分业务均为关联交易，因此对甲公司整体利润进行调整；（2）中位值的选择可以协商，但完全成本按公司账面记录计算，不做调整。
甲公司按税务机关的建议测算后，需要补税的金额已完全脱离甲公司正常交易的实际情况。因此税企双方无法达成一致。
甲公司对于税务机关要求调整“整个公司”的利润及完全成本只能按账面记录计算、不得调整均持疑，故寻求律师帮助。
【律师解析】
关于“交易净利润法”，就税务机关提出的两项要求，律师判断与法律规定存在冲突，理由如下：
一、关于特别纳税调整的范围——调整的收入是某项交易的应纳税收入而非整个企业的应纳税收入
根据《企业所得税法》第四十一条“企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整”及《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发[2009]2号）第二条“本办法适用于税务机关对企业的转让定价、预约定价安排、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化以及一般反避税等特别纳税调整事项的管理”之规定，特别纳税调整的范围应为某项关联交易的应纳税收入或所得额，而非某个企业整体的应纳税收入或所得额。
二、关于“交易净利润法”——调整的利润是归属于不符合独立交易原则的关联交易而非所有的关联交易
《跨国企业与税务机关转让定价指南（2010）》（经济合作与发展组织著、国家税务总局国际税务司译），就“交易净利润法”，该指南有如下描述：
交易净利润法考察纳税人从某项关联交易（或按照第3.9-第3.12条的原则适宜于合并的交易）中实现的相对于一个合适基数（如成本、销售、资产）的净利润率……尤其意味着，纳税人从某项关联交易（或按照第3.9-第3.12条的原则适宜于合并的交易）中取得的净利润率，在理想情况下，应当参照同一纳税人在可比非关联交易中取得的净利润率来确定。
结合我国《企业所得税法》第四十一条规定中“不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额”的描述，不难判断“交易净利润法”调整的利润是归属于不符合独立交易原则的关联交易的利润而非所有关联交易的利润。
三、运用“交易净利润法”，应进行可比性分析，合理计算完全成本
《跨国企业与税务机关转让定价指南（2010）》（经济合作与发展组织著、国家税务总局国际税务司译）在有关“交易净利润法”的章节中描述“以成本为分母的净利润指标应仅用于当成本是反映受测方所执行的功能、所使用的资产和所承担的风险的相关指标的情况。对何种成本应包含在成本基数中，应当结合具体个例的环境和实施仔细考虑而确定。当净利润指标是基于成本分析产生时，被选用的成本应当是与受测的关联交易直接或间接相关的成本。相应的，纳税人需对其财务数据进行合理的细分，使那些与其他活动或交易相关并对与非关联交易的可比性具有实质性影响的成本数据从分母中剔除出去。而且，在绝大多数情况下，只有经营性的成本才能被包含在分母中”。因此，并非企业在会计上计入成本、费用的内容均需计入“完全成本”。
我国有关特别纳税调整的立法与经济合作与发展组织（OECD）指南保持协同。
《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发[2009]2号）第二十六条（已被国家税务总局公告2017年第6号替代）曾规定“交易净利润法……可比性分析应特别考察关联交易与非关联交易之间在功能风险及经济环境上的差异以及影响营业利润的其他因素，具体包括执行功能、承担风险和使用资产，行业和市场情况，经营规模，经济周期和产品生命周期，成本、费用、所得和资产在各交易间的分摊，会计处理及经营管理效率等。关联交易与非关联交易之间在以上方面存在重大差异的，应就该差异对营业利润的影响进行合理调整，无法合理调整的，应根据本章规定选择其他合理的转让定价方法”。
《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号）第二十条规定“交易净利润法以可比非关联交易的利润指标确定关联交易的利润。利润指标包括息税前利润率、完全成本加成率、资产收益率、贝里比率等……（二）完全成本加成率=息税前利润/完全成本×100%……利润指标的选取应当反映交易各方执行的功能、承担的风险和使用的资产。利润指标的计算以企业会计处理为基础，必要时可以对指标口径进行合理调整……交易净利润法的可比性分析，应当特别考察关联交易与非关联交易中企业执行的功能、承担的风险和使用的资产，经济环境上的差异，以及影响利润的其他因素，具体包括行业和市场情况，经营规模，经济周期和产品生命周期，收入、成本、费用和资产在各交易间的分配，会计处理及经营管理效率等。关联交易与非关联交易在以上方面存在重大差异的，应当就该差异对利润的影响进行合理调整，无法合理调整的，应当选择其他合理的转让定价方法”。
根据上述规定，运用“交易净利润法”，应围绕“企业执行的功能、承担的风险和使用的资产，经济环境上的差异”、“行业和市场情况，经营规模，经济周期和产品生命周期，收入、成本、费用和资产在各交易间的分配，会计处理及经营管理效率”等方面展开可比性分析，并对与非关联交易的可比性具有实质性影响的成本数据从“完全成本”中予以剔除。
基于上述理由，甲公司与税务机关沟通，税务机关表示甲公司可以：（1）根据交易项目分别核算收入、成本费用、利润，仅调整不符合独立交易原则的关联交易的利润；（2）与非关联交易的可比性具有实质性影响的成本数据从“完全成本”中予以剔除。
